Ignacy był ostatnim z trzynastu synów Beltrama Yaneza de Onaz y Loyola oraz Maryny Saenz de Licona y Balda. Urodził się w rodzinnym zamku Loyolów w 1491 r., w czasie, gdy ojciec walczył pod murami Grenady.

Dzieciństwo spędził w rodzinnym domu. Oddano go następnie na dwór Juana Valasqueza de Cuellar, który był ministrem skarbu królów hiszpańskich. Po śmierci tego ostatniego przeszedł na służbę wicekróla Nawarry. Jako „człowiek księcia” bronił następnie cytadeli w Pampelunie, którą oblegali Francuzi. Pocisk z francuskiego działa, który poważnie zranił mu nogę, miał się stać błogosławieństwem. Ono to przyczyniło się do radykalnej zmiany życia.

Długie miesiące rekonwalescencji były dla niego okresem łaski i gruntownej przemiany. Dla skrócenia czasu prosił o powieści rycerskie, ale na zamku ich nie było. Podano mu więc książkę znaną w całym średniowieczu, którą napisał bł. Jakub de Voragine – Złotą legendę. Bratowa podała mu ponadto „Życie Jezusa” Ludolfa de Saksa. Gdy tylko Inigo wyzdrowiał (chociaż na nogę kulał całe życie), opuścił rodzinny zamek i udał się do pobliskiego sanktuarium maryjnego, Montserrat. Zdumionemu żebrakowi oddał swój kosztowny strój rycerski. Przed cudownym wizerunkiem Maryi złożył swoją broń. Stąd udał się do Manrezy, gdzie zamieszkał w celi, użyczonej mu przez dominikanów. I tu jednak wydawało mu się, że ma za wiele wygód. Dlatego zamieszkał w jednej z licznych grot. Aby zdławić w sobie starego, próżnego, ambitnego człowieka, nie golił się ani nie strzygł, pościł codziennie i biczował się, nie obcinał paznokci, nie nakrywał głowy. Codziennie bywał u dominikanów na Mszy świętej. Oddawał się modlitwie i rozważaniu Męki Pańskiej. Szatan dręczył go gwałtownymi pokusami, aż do myśli o samobójstwie.

W takich zmaganiach powstał szkic jego najważniejszego dzieła, jakim są Ćwiczenia duchowne. Formę ostateczną otrzymały one dopiero w 1540 roku. Były więc owocem 19 lat przemyśleń i kontemplacji.
 Pragnąc nawiedzenia Ziemi Świętej i męczeństwa z rąk Turków, Ignacy zupełnie wyczerpany z sił, po prawie rocznym pobycie w Manrezie, przez Rzym i Wenecję udał się w pielgrzymkę. Żył z użebranych pieniędzy i czynionych po drodze przysług. W 1523 r. dotarł szczęśliwie do celu. Chciał tam pozostać do końca życia, dopiero w wyniku nalegań tamtejszego legata papieskiego wrócił do kraju. W drodze był dwukrotnie więziony pod zarzutem szpiegostwa. Po długiej podróży powrócił do Barcelony, gdzie przez dwa lata uczył się języka łacińskiego. Nie wstydził się zasiadać w ławie szkolnej z dziećmi, chociaż miał już wówczas 34 lata. Potem udał się do Alkala, by na tamtejszym uniwersytecie studiować filozofię. Wolny czas poświęcał nauczaniu prawd wiary prostych ludzi. Mieszkał w szpitalu i utrzymywał się za posługę oddawaną chorym.

Jego żebraczy strój i niezwykły tryb życia wzbudziły u niektórych nadgorliwców podejrzenie, czy przypadkiem Ignacy nie należy do sekty Alumbrado, która w tym czasie niepokoiła w Hiszpanii władze kościelne. Dostał się nawet do więzienia, które było w posiadaniu Świętej Inkwizycji. Po uwolnieniu z niego podążył do Salamanki, by na tamtejszym uniwersytecie kontynuować swoje studia (1527). I tu inkwizycja go zauważyła – ponownie trafił do więzienia. Przykre przesłuchania zniósł z radością dla Pana Jezusa. Po uwolnieniu z więzienia, w którym był kilka tygodni, powrócił do Barcelony, a stąd udał się do Paryża (1528). Miał już wówczas 37 lat. Utrzymywał się znów z żebraniny. Dla uzbierania koniecznych opłat w wolnych miesiącach udał się w charakterze żebraka do Belgii i Anglii.

Na uniwersytecie paryskim Ignacy zapoznał się i zaprzyjaźnił z bł. Piotrem Faberem i ze św. Franciszkiem Ksawerym. Do ich trójki dołączyli niebawem Jakub Laynez, Alfons Salmeron, Mikołaj Bobadilla, Szymon Rodriguez i Hieronim Nadal. Wszyscy zebrali się rankiem 15 sierpnia 1534 roku w kapliczce na zboczu wzgórza Montmartre i tam w czasie Mszy świętej, odprawionej przez Piotra Fabera, który miesiąc wcześniej otrzymał święcenia kapłańskie, złożyli śluby ubóstwa, czystości oraz wierności Kościołowi, a zwłaszcza Ojcu Świętemu. W ten sposób powstał nowy zakon, zwany Towarzystwem Jezusowym.
 Wszyscy skierowali swoje kroki do Wenecji, by stamtąd odpłynąć do Ziemi Świętej, nawracać niewiernych i z ich ręki ponieść śmierć męczeńską. Do pielgrzymki jednak nie doszło, gdyż Turcja prowadziła właśnie wojnę z Wenecją. Udali się więc do Rzymu, aby przedstawić się papieżowi i oddać się do jego dyspozycji. Paweł III przyjął ich życzliwie. Korzystając z jego zachęty, wszyscy przyjęli święcenia kapłańskie (1536), oddali się posłudze chorym w szpitalach i nauczaniu prawd wiary wśród dzieci. Papież polecił, by Ignacy nakreślił szkic konstytucji nowego zakonu. Ignacy uczynił to pod nazwą Formuła Instytutu. Papież po przejrzeniu jej zażądał, by napisać całe konstytucje. Po wielu przeszkodach Rzym zatwierdził je w 1540 roku.

Liczba członków Towarzystwa bardzo szybko rosła. Już w roku następnym (1541) św. Franciszek Ksawery został zaproszony do Indii. W tym samym czasie bł. Piotr Faber głosił słowo Boże w północnych Włoszech, w południowej Francji i w Hiszpanii. W roku 1541 zebrała się pierwsza kapituła generalna. Przełożonym generalnym jednogłośnie został wybrany Ignacy. W tym samym roku papież oddał jezuitom do dyspozycji kościół w Rzymie p.w. Matki Bożej della Strada (Patronki w drodze). W roku 1542 jezuici założyli w Coimbrze (Portugalia) słynne kolegium, które miało się stać zawiązką uniwersytetu. W 1550 r. do zakonu zgłosił się sam wicekról Katalonii, książę Gandii, św. Franciszek Borgiasz. 
Przez ostatnich 16 lat życia Ignacy był przykuty do swojego biurka i rzadko opuszczał progi domu generalnego swego zakonu, by być zawsze do dyspozycji duchowych synów. Nękany różnymi chorobami i dolegliwościami, 30 lipca 1556 roku zapowiedział swoją śmierć i poprosił o udzielenie mu odpustu papieskiego. Współbracia zdziwili się. Kiedy zaś przypuszczali, że mu jest lepiej, po wieczerzy odeszli od jego łoża. Gdy jednak powrócili dnia następnego, Ignacy był już w agonii i zmarł na ich rękach 31 lipca 1556 r.


Beatyfikacji Ignacego Loyoli dokonał papież Paweł V (w 1609 r.), a kanonizacji – Grzegorz XV (w 1623 r.).