Święty Filip urodził się we Florencji 21 lipca 1515 r. jako syn Franciszka i Lukrecji Mosciano. Na chrzcie otrzymał imiona Filip Romulus.

Początkowo nauki pobierał we florenckiej szkole S. Giorgio. Wykazywał się dużym poczuciem humoru i posiadał szczególny dar zjednywania sobie ludzi. Duchowo kształtowali go dominikanie z konwentu San Marco. Po przedwczesnej śmierci matki i starszego brata, kiedy pogorszyły się znacznie warunki majątkowe ojca, Filip mając 17 lat udał się do swojego bezdzietnego stryja w San Germano – obecnie miasto Cassino pod Monte Cassino, gdzie przygotowywał się do zawodu kupca i przejęcia po stryju majątku. W czasie pobytu u stryja odwiedzał często opactwo benedyktynów. Kierownikiem duchowym Filipa był Euzebiusz z Eboli, jeden z najpobożniejszych mnichów na Monte Casino. Z czasu pobytu u stóp wzgórza wywodzi się zamiłowanie Filipa do Liturgii i do lektury Ojców pustyni. Tam nauczył się starej formy życia wspólnotowego. Szczególnie bliską sercu Filipa była dewiza benedyktynów: Nihil amori Christi praeponere (Nic nie przekładać ponad miłość do Chrystusa).

Dla Filipa był to czas trudnych, życiowych decyzji, czas gorącej modlitwy: „Jak Ty wiesz i chcesz, tak czyń ze mną, Panie! Nie chcę niczego więcej, jak tylko pełnić, Panie, świętą wolę Twoją!”. Ostatecznie zrezygnował z kupieckiej kariery, zrzekł się majątku, i jako nieznany i biedny pielgrzym przybył około 1534 roku do Rzymu. Historyk Kościoła, Ludwik von Pastor powiedział o tej decyzji: „Ten krok jest tak samo heroiczny jak te, których dokonali Benedykt z Nursji i Franciszek z Asyżu, gdy odwrócili się od świata i jego błyszczącej złudy”. W Rzymie Filip pozostał już do końca swego życia, darzył bowiem to miasto głęboką miłością: „Dla Rzymu żył, pracował, uczył się i modlił, kochał i umierał! Rzym był obecny w jego umyśle i w sercu, w jego dziełach i planach, nim się radował i przez niego cierpiał”.

Wykształcenie, jakie otrzymał we Florencji, pozwoliło mu zająć się wychowywaniem synów pewnego florentczyka zamieszkałego w Rzymie. W zamian za to dostawał coś do zjedzenia i kąt do spania. W tym czasie Filip rozpoczął studia filozoficzne w akademii „Sapienza” i teologiczne u Augustianów.

W okresie studiów prowadził intensywne życie modlitwy. W szczególny sposób pociągała go cisza katakumb św. Sebastiana. Dla Filipa było to miejsce spoczynku pierwszych chrześcijan, którzy oczekiwali na zmartwychwstanie. Chodził tam często i spędzał całe noce na modlitwie. Ta modlitwa spontanicznie rozbudzałą w nim ducha apostolskiego. Jako student odwiedzał szpitale, pomagał chorym, potrzebującym pomocy. Kiedy zdobył zaufanie i przekonał największych sceptyków, że działa bezinteresownie – próbował leczyć także dusze tych ludzi, tak często okaleczone.

Filip widząc jak bardzo potrzebują go chorzy i biedni przerwał studia, aby cały czas poświęcić chorym i opowiadać im o Bogu. Szybko znalazł naśladowców. Rozszerzał swoje apostolstwo na ulice i place, chodził do warsztatów i innych miejsc pracy. Nie zawsze był chętnie słuchany, często stawał się przedmiotem drwin. Należał do współzałożycieli „Bractwa Trójcy Świętej dla opieki nad pielgrzymami i przytułkami dla chorych” (1548), które już w roku 1550, w czasie jubileuszu, zdało egzamin z odznaczeniem, spiesząc z pomocą tysiącom utrudzonym pątnikom.

Idąc za nakazem swego spowiednika przyjął w 1551 roku, w wieku 36 lat, święcenia kapłańskie. Dzięki posłudze w konfesjonale Filip przekonał się o katastrofalnie niskim poziomie wiedzy religijnej penitentów i dlatego rozpoczął poza konfesjonałem i amboną ich religijne dokształcanie. Zaczął od kilku słuchaczy, których gromadził w swoim mieszkaniu. Po kilku latach zapoczątkowane w ten sposób zgromadzenia oratoryjne liczyły już kilkanaście tysięcy uczestników.

Oratorium było niezwykłym „zjawiskiem” w życiu religijnym i kulturalnym Rzymu. Zrodziło się z troski Filipa o swoich penitentów. Oratorium było nowym sposobem modlitwy i życia chrześcijańskiego. Czytano i rozważano Pismo Święte, żywoty świętych, pisma o tematyce ascetyczno-duchowej. Systematyczne wykłady z historii Kościoła prowadził późniejszy wielki historyk i kardynał Cezary Baroniusz. Dla Oratorium ujawniły swe talenty twórcy pieśni religijnych, autorzy sztuk teatralnych, kompozytorzy, twórcy nawet tej miary, co Palestrina. Do Oratorium spieszyła cała elita duchowa Rzymu. Tu właśnie rodziły się plany reform. Do grona przyjaciół Filipa należeli m.in.: św. Kamil de Lellis, św. Feliks z Cantalice, św. Jan Leonardi, św. Franciszek Salezy, św. Ignacy Loyola i wielu innych.

Nowatorskie metody duszpasterskie stosowane przez Filipa spotkały się z postawieniem mu zarzutu, że sprzyja „nowinkom” niebezpiecznym dla wiary, że tworzy sektę. Doszło do tego, że surowy papież Paweł IV zakazał Filipowi na pewien czas tej działalności, a nawet na piętnaście dni odebrał mu prawo do spowiadania. Filip zniósł tę próbę w pokorze. Wszystko się wkrótce szczęśliwie wyjaśniło. Papieże nadal darzyli go zaufaniem, a nawet przyjaźnią.

Z czasem Filip zorganizował grupę stałych współpracowników, niektórych z nich przeznaczył do kapłaństwa – to oni stworzyli wspólnotę życia, która później dała początek nowemu zgromadzeniu. Przez długi czas Filip wzbraniał się przed nadaniem tej wspólnocie kapłanów jakichś form społeczności zakonnej. Papieże jednak nalegali, żeby ten luźny związek duchownych przekształcił się wreszcie w zgromadzenie o stałej i ściśle określonej strukturze prawnej. Stało się to 15 lipca 1575, za czasów p. Grzegorza XIII.

Filip Neri był także doradcą papieży i kierownikiem duchowym wielu dostojników. Był jednym z najbardziej wesołych świętych. W uznaniu zasług, papież Grzegorz XIII chciał obdarzyć Filipa godnością kardynała, lecz ten nie przyjął jej. Współcześni dostrzegli w tym geście lekcję prawdziwej wielkości, daną ludziom XVI wieku, kuszonym do wywyższania się ponad prawdy i prawa Boże.

Ostatnie lata życia Filip przeznaczył na pracę w konfesjonale i na rozmowy z przyjaciółmi. Zmarł na rękach swych duchowych synów 26 maja 1595 r. w noc Uroczystości Bożego Ciała, mając 80 lat. Miał wcześniej podać godzinę swojej śmierci. Pochowany został w kościele Santa Maria Chiesa Nuova w Rzymie.

Kardynał Baroniusz, jego uczeń, napisał o nim: „aż do 80 roku życia, aż do samej śmierci nie żył dla siebie, lecz dla dobra drugich, dla dobra swoich Rzymian, a Rzym odpłacił mu się za to bezgranicznym zaufaniem. Starcem już będąc, pozostał nadal Apostołem Wiecznego Miasta, a jego apostolstwo rozciągało się na wszystkie kategorie ludzi, począwszy od papieża do ostatniego ulicznika”.