Jan Cidade urodził się w Portugalii w roku 1495. Ojciec Jana, Andrzej Ciudad, miał swój dom i mały warsztat rzemieślniczy. W pracy pomagała mu małżonka, Teresa Duarte. Jan wcześnie opuścił dom rodzinny, bo zaledwie w wieku ośmiu lat. U jego rodziców znalazł gościnę pielgrzym zmierzający do Hiszpanii. Prawdopodobnie pod wpływem jego barwnych opowieści chłopiec postanowił uciec z domu.
Wraz z nieznajomym dotarł do hiszpańskiej miejscowości Oropesa. Tu opiekę – a później wykształcenie – uzyskał w rodzinie zarządcy trzód. Zaczął pracować, osiągnął życiową stabilizację. Lecz po blisko 20 latach spędzonych w Oropesie zdecydował się porzucić przybraną rodzinę i wstąpił do wojska jako ochotnik. Wziął udział w walkach hiszpańsko-francuskich. Usunięty karnie ze służby (nie upilnował łupów wojennych) wrócił do Oropesy. Po kilku latach jednak znów się zaciągnął. Tym razem do wojska, które udało się aż na Węgry, aby stawić czoła sułtanowi tureckiemu Sulejmanowi II Wspaniałemu.
Po powrocie z dalekiej wyprawy wojennej postanowił odwiedzić – po 30 latach – swoje rodzinne strony. Dowiedział się wówczas tragicznej prawdy o losie swoich rodziców. Po jego zniknięciu matka zmarła ze zgryzoty, a ojciec – straciwszy i syna, i żonę, udał się do Lizbony, gdzie wstąpił do klasztoru franciszkanów, tam też świątobliwie dożył swoich dni. Próbując uciec przed wyrzutami sumienia, Jan Ciudad wyjechał do Afryki, do Ceuty. Najął się do katorżniczej pracy przy budowie fortyfikacji. Później – z nakazu swego spowiednika – wrócił do Europy i począł rozczytywać się w książkach religijnych, a także zajął się ich rozpowszechnianiem.
W czasie gdy Jan zajmował się handlem książkami, przydarzyła mu się znamienna historia. Wędrując z koszem książek na plecach, napotkał utrudzonego drogą małego chłopca. Dziecko było bose i biednie ubrane. Jan dał chłopcu własne obuwie, które jednak okazało się za duże na dziecięce nóżki. W tej sytuacji Jan, chcąc ulżyć zmęczonemu dziecku, posadził je na koszu i poniósł dalej. Tak dotarli do źródła, przy którym zatrzymali się na odpoczynek. Wtedy Jan zauważył, że chłopiec trzyma w ręce otwarty do połowy owoc granatu, z którego wystaje krzyż. Jakież było jego zdziwienie, gdy dziecko odezwało się do niego: „Janie Boży, Granada będzie dla ciebie krzyżem!” Po chwili chłopiec zniknął.
Granada stała się dla Jana przede wszystkim miejscem ostatecznej przemiany. Sprawiło to kazanie, które wygłosił tu 20 stycznia 1539 r. Jan z Avili. Ten kapłan, zwany apostołem Andaluzji, nawoływał do wystrzegania się grzechu. Czynił to w tak gorących słowach, że Jan Boży opuścił kościół dogłębnie poruszony. Jeszcze tego samego dnia porozdawał potrzebującym dzieła religijne i inne wartościowe przedmioty, które posiadał. Ogarnięty uczuciem żalu za grzechy głośno błagał Boga o przebaczenie i wzywał miłosierdzia Bożego. Ludzie, którzy obserwowali jego zachowanie, byli zdania, że Jan postradał zmysły. Umieszczono go w szpitalu, na oddziale dla psychicznie chorych. Przyszło mu tu doświadczyć brutalnych metod, jakie wówczas powszechnie stosowano wobec osób z zaburzeniami psychicznymi. Nie skarżył się jednak, za to z dużą ofiarnością stawał w obronie swoich towarzyszy niedoli. Doznane cierpienia sprawiły, że dojrzewała w nim decyzja o założeniu własnego szpitala, w którym chorzy byliby godnie traktowani. Na realizację tego zamiaru nie trzeba było długo czekać.
Gdy po kilku miesiącach Jan opuścił szpital, całkowicie oddał się służbie chorym. Dobrowolnie skazał się na życie w ubóstwie pośród najbiedniejszych mieszkańców Granady. Dzielił się z nimi tym, co otrzymał za sprzedaż uzbieranego drewna. Zaczął ich też organizować w grupę ludzi niosących sobie wzajemnie pomoc. A gdy zamożni mieszkańcy Granady dostrzegli pozytywne efekty tych wysiłków, otrzymał środki na zakup ziemi przy ulicy Lucena, w którym urządził przytułek dla bezdomnych.
Na piętrze wydzielił pokoje dla chorych. Ten pierwszy szpital Jana Bożego był bardzo skromny, ale pod względem metod pracy korzystnie odróżniał się od innych ówczesnych placówek medycznych.
Jan Boży miał zwyczaj myć nogi każdemu choremu trafiającemu do szpitala. Jakże się zdziwił, gdy podczas tej czynności u jednego z biedaków dostrzegł na stopach stygmaty Chrystusa. Zobaczył również poświatę wokół głowy mężczyzny i usłyszał słowa: „Janie cokolwiek dobrego czynisz ubogim i chorym, Mnie samemu czynisz”. Zaraz potem widzenie znikło.
Utworzenie szpitala w Granadzie, a później utrzymywanie go, graniczyło z cudem. Troska o leki, bieliznę, bandaże, łóżka, opłata służby i wyżywienie całej załogi wymagało od Świętego heroicznego poświęcenia. Codziennie udawał się na miasto i na umówionym placu zbierał żywność i ofiary pieniężne. Najczęściej one nie wystarczały. Wtedy udawał się do domów możnych, błagając o pomoc tymi znamiennymi słowy: „Pomóżcie sobie, wspomagając ubogich i chorych, bowiem błogosławieni miłosierni, albowiem oni miłosierdzia dostąpią”.
Św. Jan Boży podejmował się ciężkich prac fizycznych w szpitalu. Kiedyś upadł pod ciężarem dźwiganego człowieka i nie mógł ponownie ruszyć w drogę. Tradycja głosi, że wówczas objawił mu się Rafał Archanioł, który go wspomógł. Po paru dniach Archanioł zjawił się znowu. Tym razem przybył do szpitala z koszem chleba, gdy Jan nie miał czym nakarmić swoich chorych.
Dowód wyjątkowego oddania chorym dał Jan Boży w połowie 1549 r., kiedy w Szpitalu Królewskim w Granadzie wybuchł groźny pożar. Liczni świadkowie widzieli, jak Jan wielokrotnie wchodził do płonącego budynku i wynosił stamtąd chorych, którzy nie mogli się wydostać o własnych siłach. W pewnej chwili świadkom zdarzenia wydawało się, że nikt nie zdoła już wyjść na zewnątrz. Ku zdumieniu wszystkich, po dłuższym czasie, Jan ukazał się znowu, mając tylko osmolone brwi i rzęsy. Uznano to za cud.
Jan wiedział jednak, że ciężaru, który na siebie nałożył, sam nie udźwignie. Nadto trapiła go troska o przyszłość dzieła. Zebrał więc koło siebie gromadkę podobnych szaleńców Bożych i tak założył nową rodzinę zakonną dla obsługi chorych i opuszczonych. Tak powstał zakon Braci Miłosierdzia, zwany u nas bonifratrami. Założycielowi zaś nadał miejscowy arcybiskup przydomek „Jana Bożego” i takim go znamy.
Czując zbliżającą się śmierć, Jan poprosił współbraci, aby pozostawili go w samotności. Umarł podczas modlitwy i trwał w pozycji klęczącej około sześciu godzin po śmierci. Ciało złożono w bocznej kaplicy kościoła Matki Bożej Zwycięskiej, gdzie niebawem wydarzyło się wiele cudów.
Kanonizacja Jana Bożego odbyła się w roku 1690. Z prośbą o jej dokonanie wystąpili do papieża Aleksandra VIII katoliccy monarchowie Europy, w tym także polski król Jan III Sobieski. W roku 1886 papież Leon XIII ogłosił św. Jana Bożego patronem chorych i szpitalnictwa.